Ebner wurde 1956 in Schweinfurt geboren. Nach dem Studium in Würzburg, Tübingen und an der École Biblique in Jerusalem erteilte ihm Bischof Dr. Paul-Werner Scheele am 26. Februar 1983 in Würzburg die Priesterweihe. Nach Kaplansjahren in Baunach und Haibach war Ebner ab 1985 als Religionslehrer am Gymnasium der Englischen Fräulein in Aschaffenburg tätig. 1988 wurde er Hauskaplan bei den Schulschwestern in Heidingsfeld. Nach seiner Promotion 1991 wirkte er als Wissenschaftlicher Assistent am Biblischen Institut in Würzburg. 1997 erfolgte die Habilitation im Fach Exegese des Neuen Testaments. Nach einem Jahr Lehrstuhlvertretung in Würzburg wurde Ebner im August 1998 zum Universitätsprofessor für die Exegese des Neuen Testaments an der Westfälischen Wilhelms-Universität Münster ernannt und wechselte 2011 an die Universität Bonn. Von 2007 bis 2011 war er zudem stellvertretender, von 2011 bis 2015 erster Vorsitzender der Arbeitsgemeinschaft deutschsprachiger katholischer Neutestamentler und von 2016 bis 2020 Mitglied des Fachkollegiums Theologie der Deutschen Forschungsgemeinschaft (DFG). Seit April 2019 ist Ebner im Ruhestand und hilft in der Stadtkirche Schweinfurt mit. Seine jüngsten Veröffentlichungen, insbesondere zu kirchenpolitischen Themen, sind „Braucht die katholische Kirche Priester? Eine Vergewisserung aus dem Neuen Testament“ (2022) und „Mitreden, mitentscheiden, mitgestalten. Wie sich frühchristliche Gemeinden organisierten, und war wir daraus lernen können“ (2025). Als Wissenschaftler und Priester ist ihm folgendes wichtig: „Schon während meines Studiums wurde mir klar: Eine Theologie, die nicht die konkrete Situation der Menschen im Blick hat, ist für die Katz! Das habe ich an biblischen Texten gelernt: Sie sprechen in der Sprache ihrer Zeit – den einen aus dem Herzen, den anderen ins Gewissen. Als Priester möchte ich ein einfacher Mensch bleiben, unverstellt und ohne Floskeln – auch im Gottesdienst.“